പഹൽഗാം ഭീകരാക്രമണത്തിന്റെ അന്വേഷണം എൻ.ഐ.എക്ക് കൈമാറി. ഭീകരാക്രമണത്തിൽ ഇതുവരെ അന്വേഷണം നടത്തിയിരുന്നത് ജമ്മുകശ്മീർ പോലീസാണ്. കേന്ദ്ര ആഭ്യന്തര മന്ത്രാലയത്തിന്റെ നിർദേശപ്രകാരമാണ് എൻ.ഐ.എ കേസിന്റെ അന്വേഷണം ഏറ്റെടുക്കുന്നത്. ഭീകരാക്രമണമുണ്ടായതിന് പിറ്റേദിവസം മുതൽ എൻ.ഐ.എ ക്യാമ്പ് ചെയ്ത് പ്രവർത്തനങ്ങൾ ഏകോപിപ്പിക്കുന്നുണ്ട്. വിവിധ പ്രദേശങ്ങളിൽ എൻ.ഐളഎ വ്യാപകമായി പരിശോധനയും നടത്തുന്നുണ്ട്. എൻ.ഐ.എയിലെ ഇൻസ്പെക്ടർ ജനറലിന്റെ നേതൃത്വത്തിലായിരിക്കും അന്വേഷണം നടത്തുക.
ഡെപ്യൂട്ടി ഇൻസ്പെകട്ർ ജനറൽ, എസ്.പി എന്നിവരും അന്വേഷണസംഘത്തിലുണ്ടാവും. സംഭവത്തിലെ സാക്ഷികളുടെ മൊഴികളാണ് എൻ.ഐ.എ രേഖപ്പെടുത്തുന്നത്. എൻ.ഐ.എക്കൊപ്പം ഫോറൻസിക് വിദഗ്ധരും അന്വേഷണ സംഘത്തിന്റെ ഭാഗമാണ്. പഹൽഗാം ഭീകരാക്രമണത്തിൽ 26 പേർ കൊല്ലപ്പെട്ടുവെന്നാണ് കേന്ദ്രസർക്കാറിന്റെ ഔദ്യോഗിക കണക്ക്. ഇതിൽ ഒരു നേപ്പാൾ പൗരനും ഉൾപ്പെടുന്നു. ഭീകരാക്രമണവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് നിരവധി പേർ പൊലീസിന്റെ കസ്റ്റഡിയിലുണ്ട്.