വ്യാജ ബിരുദ സർട്ടിഫിക്കറ്റ് വിവാദത്തിൽ നിഖിൽ തോമസിനെ എസ്.എഫ്.ഐ പുറത്താക്കി. നിഖിൽ സംഘടനയെ തെറ്റിദ്ധരിപ്പിച്ചെന്നും നിഖിൽ ചെയ്തതെന്ന് പ്രവർത്തകൻ ഒരിക്കലും ചെയ്യാൻ പാടില്ലാത്ത കാര്യമാണെന്നും എസ്.എഫ്.ഐ വ്യക്തമാക്കി. 2019 മുതൽ കലിംഗ സർവകലാശാലയിൽ പഠിച്ചുവെന്നാണ് നിഖിലിന്റെ വാദം. എന്നാൽ 2018-20 കാലഘട്ടത്തിൽ കായംകുളം എം.എസ്.എം കോളജിലെ ബി.കോം വിദ്യാർഥിയായിരുന്നു നിഖിൽ. എന്നാൽ പാസായിരുന്നില്ല. 2021ൽ ഇതേ കോളജിൽ നിഖിൽ എം.കോമിന് ചേർന്നതോടെയാണ് വിഷയം വിവാദമായത്. പ്രവേശനം ലഭിക്കാനായി 2019-21 കാലയളവിലെ കലിംഗ സർവകലാശാലയുടെ ബി.കോം സർട്ടിഫിക്കറ്റ് നിഖിൽ ഹാജരാക്കിയിരുന്നു. ഒരാൾക്ക് ഒരേ സമയത്ത് കായംകുളത്തും കലിംഗ യൂനിവേഴ്സിറ്റിയിലും എങ്ങനെ പഠിക്കാൻ സാധിക്കും എന്നതാണ് വിവാദമായത്.
നിഖിൽ തോമസിന്റെ സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ ഒറിജിനൽ ആണെന്നായിരുന്നു എസ്.എഫ്.ഐ സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി പി.എം. ആർഷോയുടെ വാദം. എന്നാൽ, നിഖിൽ തോമസ് എന്ന വിദ്യാർഥി ബി.കോമിന് പഠിച്ചിട്ടില്ലെന്ന് കലിംഗ സർവകലാശാല വ്യക്തമാക്കി. ഇതോടെ നിഖിൽ തോമസിനെ ജില്ല കമ്മിറ്റി, കായംകുളം ഏരിയ സെക്രട്ടറി എന്നീ സ്ഥാനങ്ങളിൽ നിന്ന് എസ്.എഫ്.ഐ നീക്കം ചെയ്തിരുന്നു. നിഖിൽ തോമസ് പാർട്ടിയോട് കാണിച്ചത് കൊടുംചതിയെന്നും നിഖിലിന്റെ വിഷയത്തിൽ പാർട്ടി അന്വേഷണം നടത്തുമെന്നും സി.പി.എം കായംകുളം ഏരിയ സെക്രട്ടറി ഇന്ന് പ്രതികരിച്ചിരുന്നു. നിഖിലിനെ പാർട്ടിയിലെ ആരെങ്കിലും ബോധപൂർവം സഹായിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ അവർക്കെതിരെയും നടപടി സ്വീകരിക്കുമെന്നും നിഖിൽ പാർട്ടിയംഗമാണെന്നും ജില്ല കമ്മിറ്റി വിഷയം ചർച്ച ചെയ്യുമെന്നും ഏരിയ സെക്രട്ടറി വ്യക്തമാക്കിയിരുന്നു.
നിഖിൽ തോമസിന് അഡ്മിഷൻ നൽകാൻ ശിപാർശ ചെയ്തത് സി.പി.എം നേതാവാണെന്ന് കായംകുളം എം.എസ്.എം കോളജ് മാനേജർ ഹിലാൽ ബാബു പറഞ്ഞിരുന്നു. എന്നാൽ ശിപാർശ ചെയ്ത സി.പി.എം നേതാവിന്‍റെ പേര് വെളിപ്പെടുത്തിയിട്ടില്ല.